Prima di impiegarle in cucina però occorre sempre pulirle al meglio accertandosi che siano vive: un trucco sempre valido sarà quello di scegliere solo le cozze col guscio chiuso, scartando quelle aperte o col guscio rotto.
Si tratta inoltre di un cibo delicato e per questo motivo è preferibile consumarle subito, una volte pulite, in modo da mantenere intatti freschezza e gusto.
Uno dei segreti per cucinare al meglio le cozze è sicuramente la pulitura preliminare. Bisogna prima risciacquare con cura i mitili sotto l'acqua corrente e poi eliminare con l'ausilio di un coltello tutte le incrostazioni presenti sui gusci, aiutandosi all'occorrenza con una spugnetta abrasiva. Eliminate tutte le impurità, è necessario staccare a mano anche il bisso, la tipica "barbetta" delle cozze che fuoriesce in genere dalle valve.
Dopo averle lasciate spurgare ammollo in acqua, all'interno di un recipiente ampio, si possono far cuocere a vapore in un tegame: in tal modo le cozze tenderanno ad aprirsi e si potrà fare un'ulteriore cernita per eliminare quelle meno fresche.
La cottura al vapore è inoltre il modo migliore per esaltarne il sapore e rispettarne le proprietà organolettiche. Una volta che saranno pulite e aperte, le cozze possono essere finalmente utilizzate per cucinare, meglio ancora se con la loro acqua di cottura, che si può filtrare e usare anche come base per insaporire un sugo alla marinara o un risotto.